曲块成型后，送入曲房，微生物菌体是由多种渠道自然接种的。在密闭的曲房内，微生物开始繁殖，并散发热量，温度的升高又加速水分的蒸发，使整个曲房内温度和湿度都上升。从培菌过程的操作来说，大曲与黄酒麦曲并无显著差异，翻曲、通风、堆曲等仍是必要的操作步聚。但关键的区别是培菌温度。大曲向高温曲方向变化。

大曲的培养温度可达50-60℃。各地的做法也有所不同。如民国时期唐山地区的培养温度为52℃，茅台酒的酒曲培菌温度可达60℃。翻曲的工人往往裸体进入曲房进行操作，也不免汗流浃背。

大曲向高温曲的方向发展，客观原因之一， 可能是曲室内堆积的曲块数量增加，导致曲房内温度上升速度快，幅度大(前面已说过，这是由于品字形堆曲法的采用所造成的)，明清时期，制曲成为一门手工业，曲坊专门从事酒曲生产，为尽量利用空间，曲房内的块曲数量有可能尽量增加。另外一个重要原因则是人们意识到高温曲所酿造的酒香气较好。其机理虽未完全阐明，但有一条是较为肯定的，即酒曲上生长的高温菌与低温菌的的比例随培养温度而变，高温菌代谢产物对酒的香气成分具有一定的作用。

不同类型的大曲，培养时期的最高温度有所不同。

大致有三种类型:中温曲，高温曲和超高温曲。

中温曲以清香型白酒汾酒所用的大曲为代表，最高温度为50℃ 以下。

其培养过程的特点是:制曲着重于曲的排列，曲房的窗户昼夜两封两启，温度则两起两落。控制热曲和凉曲温度较为严格，热凉升降幅度较大，小热大凉，适合于多数中温性微生物生长，以白色曲较多。

中温曲的糖化力，液化力和发酵力最高。

高温曲以浓香型白酒所用的大曲为代表。制曲时期最高温度大于50℃，制曲期间，以曲的堆积为主，覆盖严密，以保潮为主。培养期间温度的掌握主要靠翻曲来实现，只有当最高温度超过工艺要求的极限时，才进行翻曲，放潮降温。